米萨米斯大学是一所私立、非宗派、非营利性的教育机构，由 Hilarion Feliciano 博士和 Doña Maria Mercado Feliciano 于 1929 年创立。米萨米斯大学目前是唯一一所获得挪威船级社-德国劳氏船级社商业保证的ISO 9001:2015认证的自治大学，该认证由西北棉兰老高等教育委员会（CHED）颁发，并由菲律宾高等院校协会认证委员会授予 X 地区认证课程数量最多的大学。
米萨米斯大学位于菲律宾西米萨米斯市和奥罗基塔市，占地 7.5 公顷的校园每年为 8,000 多名学生提供服务。
该大学已获得 CHED 的非管制地位，这意味着它不受该机构的监管，可以获得补助金和财政奖励，并可以自行决定课程的发展。CHED 还承认米萨米斯大学为犯罪学和信息技术发展中心。
1929年6月，希拉里翁·T·费利西亚诺博士（Dr. Hilarion T. Feliciano）和他的妻子玛丽亚·梅尔卡多·费利西亚诺女士（Doña Maria Mercado Feliciano）在北拉瑙省（Lanao Del Norte）的科兰布甘（Kolambugan）创办了科兰布甘学院（Kolambugan Academy），这是该国这一地区的第一所私立高中。两年后，为了服务更多人口，校址迁至米萨米斯（Misamis，现奥萨米斯市）。学校更名为米萨米斯学院（Misamis Institute）。
第二次世界大战导致学校停办。学校于1946年重新开放，同年获得政府认可，开设了完整的小学和中学课程。学校创始人启动了一项扩展计划：开设了教育、商业、文科和法律课程，并于1953年获得政府的全面认可。1955年，学校凭借其强大的学术课程更名为米萨米斯学院。1967年，秉承为西米萨米斯省人民提供优质教育的使命，希拉里昂·T·费利西亚诺博士收购了位于奥罗基埃塔市的棉兰老学院，并将其作为米萨米斯学院的延伸进行管理。[1982年，学校更名为米萨米斯大学奥罗基埃塔分校]。
米萨米斯学院扩大了其课程设置。1974年6月，开设了社会工作学士学位，首个可获得教育学文学硕士学位的研究生课程和土木工程学士学位获得认可。1975年，开设了护理与助产学士学位。
1977年意义非凡，因为该校被授予大学地位。海梅·M·费利西亚诺博士就任米萨米斯大学首任校长。1979年，机械、电气工程和护理学学士学位获得政府认可。农业技术学士学位获得政府许可。犯罪学学士学位和秘书行政学士学位分别于1980年和1981年获得认可。
1984年3月30日，内斯特·M·费利西亚诺博士执掌该大学，并被任命为该大学第二任校长。
他的远见卓识将大学推向了新的高度。在他任职期间，学校开设了更多课程。教育学博士、公共管理硕士研究生学位以及社区发展学士学位（BS Community Development）于1984年获得认可。工商管理硕士课程于1985年获得认可；一年后，农业教育学士学位、心理学、生物学、动物学、林业学、牙科医学博士和犯罪学副学士学位也获得了政府许可。计算机技术课程于1988年获得认可，会计学学士学位于1992年获得认可。
为了满足不断变化的需求，大学在1993-1994学年开设了以下课程：护理学文学硕士、海洋运输证书、轮机工程证书、海洋运输学士学位、轮机工程学士学位、计算机工程学士学位、职业治疗学士学位和计算机科学学士学位。同年，文理学院和教育学院增设了两个新专业：英语教学专业和数学教育专业。
1995年，该校开设了护理学硕士学位，同年，森林护林员证书、物理治疗学士和医学技术学士均获得政府认可。为了补充学校提供的辅助医疗课程，该大学于1995年建造了一所现代化的先进三级医院——米萨米斯大学医学中心（MUMC）。该医学中心为学生提供护理、助产、医学技术、物理治疗和职业治疗方面的优质培训，同时也为社区提供优质的医疗服务。
1984年3月30日，内斯特·M·费利西亚诺博士执掌该大学，并被任命为该大学第二任校长。
他的远见卓识将大学推向了新的高度。在他任职期间，学校开设了更多课程。教育学博士、公共管理硕士研究生学位以及社区发展学士学位（BS Community Development）于1984年获得认可。工商管理硕士课程于1985年获得认可；一年后，农业教育学士学位、心理学、生物学、动物学、林业学、牙科医学博士和犯罪学副学士学位也获得了政府许可。计算机技术课程于1988年获得认可，会计学学士学位于1992年获得认可。
为了满足不断变化的需求，大学在1993-1994学年开设了以下课程：护理学文学硕士、海洋运输证书、轮机工程证书、海洋运输学士学位、轮机工程学士学位、计算机工程学士学位、职业治疗学士学位和计算机科学学士学位。同年，文理学院和教育学院增设了两个新专业：英语教学专业和数学教育专业。
1995年，该校开设了护理学硕士学位，同年，森林护林员证书、物理治疗学士和医学技术学士均获得政府认可。为了补充学校提供的辅助医疗课程，该大学于1995年建造了一所现代化的先进三级医院——米萨米斯大学医学中心（MUMC）。该医学中心为学生提供护理、助产、医学技术、物理治疗和职业治疗方面的优质培训，同时也为社区提供优质的医疗服务。
2007年6月，大学启用了一栋三层建筑，图书馆位于二楼和三楼。一楼设有学生事务部、指导与考试中心、奖学金协调员办公室和学生休息室等各办公室。同时，配备先进模拟实验室和中型奥林匹克游泳池的海事模拟船也竣工。同年，大学开设了酒店与餐饮管理以及职业课程，例如面向BSIT和BSCS课程的护理（NC二级）、护理保健服务、动画NC三、电脑操作NC二、编程NC四和计算机硬件维修NC二；面向犯罪学课程的安保服务NC二和安全服务NC一；以及面向海事教育课程的甲板航海NC二。
2008 年 6 月，米萨米斯大学建成了可容纳 3,000 名学生的有盖球场。同时，大学的信息系统也进行了升级，以提高米萨米斯大学社区的研究能力，并满足对更好的电子数据收集和管理的快速变化的需求。从那时起，它不断发展具有成本效益的可靠信息系统，专门设计用于满足大学的以下需求：招生、学科评估、员工档案、工资单、库存、优先级编号、电子指导、电子等级和电子等级监控、需求清单监控、图书馆日志、制表和网站开发。英语系与美国国际开发署合作设立了就业英语水平 [JEEP] 项目，以进一步提高米萨米斯大学社区的口语、听力和决策能力。JEEP Start 和 Accelerate 设施被视为该机构的“基准实验室”。
2009年5月，校长提出了她的愿景：大学必须符合最新的ISO质量管理体系标准。一年后，即2010年7月14日，大学通过了ISO 9001:2008标准认证。同月，MU Manor教学酒店正式开业，供BSHRM学生和公众使用。仅仅两个月后，米萨米斯大学医学中心（MUMC）就被菲律宾健康保险协会（PhilHealth）授予“医疗保健服务质量中心”称号。
一年内，学校进行了更多扩建。计算机工程实验室升级为拥有30个全空调计算机实验室的实验室。土木工程专业购置了一台全新的万能试验机（UTM）。工程实验室新增了一条带顶棚的通道。海事学院安装了最新版本的全球海上遇险与安全系统（GMDSS）设备和轮机工程实验室的同步装置。
2011年6月，一座三层建筑竣工，用于计算机学院技术实验室的升级改造，并为犯罪学学院、教育学院和研究生院提供新的办公室和教室。同时，自然科学、犯罪学、医学技术、牙科、艺术与科学、计算机研究和工程学院的实验室也进行了升级。海事教育学院也根据STCW 2010修正案的要求升级了其实验室。全任务机舱模拟器（FMERS）是一种先进的交钥匙解决方案，适用于培训值班、操作和管理级别的学员和轮机工程师。全新的计算机化主入口大门于2011年2月全面投入使用。
除这些发展外，该大学还与当地政府部门、西米萨米斯省政府、非政府组织和一些外国合作，升级了其研究和社区推广服务，特别是在环境和生态管理方面。
在凯伦·贝利纳·F·德莱昂博士的领导下，米萨米斯大学进行了其历史上最大规模的学术和基础设施转型，以追求学术卓越和与时俱进。该校自愿接受由高等教育委员会（CHED）进行的为期5天的严格的机构可持续性评估（ISA），并被授予教师教育、犯罪学和信息技术项目发展中心称号，此外，该校已有22个项目获得认证。
此外，还增加了更多课程：管理学博士、工商管理硕士（医院和医疗管理专业）、酒店和餐厅管理学士、会计技术学士、小学教育学士（幼儿教育专业）、高中课程、助产学士和放射技术学士。
2017年4月28日，该大学获得了新的质量管理标准ISO 9001：2015-风险管理认证，该标准侧重于识别、评估和控制威胁的过程，包括财务不确定性、法律责任、技术问题、战略管理错误、事故和自然灾害
为了完善教学，米萨米斯大学增设了许多基础设施，例如，位于大学图书馆四楼（原大学礼堂）的法学院和研究生院的新教室、带顶棚的步道、耗资数百万美元建造的四层基础教育楼、初中教室的空调系统、玛丽亚·梅尔卡多大厅的大规模翻修、牙科专业的新增楼层和教室（位于多功能厅上方三楼）、HTF大楼的计算机科学专业新增教室、奥罗基埃塔校区的两层建筑以及所有专业实验室的持续升级。因此，高等教育委员会授予该大学续期自治地位，有效期自2021年6月1日起至2023年3月31日。
