圣托马斯大学（UST ；菲律宾语：Unibersidad ng Santo Tomás），正式名称为马尼拉圣托马斯皇家大学， 通俗地称为Ustê（发音为 [usˈtɛʔ]），是位于菲律宾马尼拉的一所私立 天主教 研究型大学。该大学由马尼拉第三任大主教、西班牙修道士Miguel de Benavides于 1611 年 4 月 28 日创立，拥有亚洲现存最古老的大学章程，是世界上单个校园招生最多的天主教大学之一。它是圣托马斯大学系统的主校区，由传教士会管理。

1785 年，西班牙国王查理三世授予UST皇家称号。1902年，教皇利奥十三世将 UST 封为宗座大学。1947 年，教皇庇护十二世授予其“菲律宾天主教大学”称号。该大学拥有该国第一所也是最古老的工程、法律、医学和药学院。

该大学提供 180 多个本科和研究生专业课程。它有 26 个课程被高等教育委员会(CHED) 认可为卓越中心和发展中心，在该国排名第二，在私立教育机构中排名第一。它通过菲律宾认证机构联合会 (FAAP) 获得了 CHED 的机构认证。该大学拥有菲律宾高校协会认证委员会 (PACUCOA) 认证课程数量最多，共有 59 个。

主校区是马尼拉市最大的大学，拥有 22 个学位授予学院、一座教区教堂和一所教学医院。菲律宾国家博物馆将该校的四座建筑和UST Baybayin 文件列为国家文化瑰宝。

UST的校友和教职员工包括30位天主教圣人、4位菲律宾总统、17位参议员、9位首席大法官、20位国家艺术家、一位国家科学家和5位亿万富翁。

该运动队名为“咆哮虎队” ，是菲律宾大学体育协会的成员，赢得总冠军的次数比任何其他大学都多。

该大学的创始人是西班牙修道士米格尔·德·贝纳维德斯。1587年，他随第一批道明会传教士来到菲律宾。他后来成为新塞哥维亚的主教，并于 1602 年晋升为马尼拉第三任大主教。1605 年 7 月 26 日，贝纳维德斯去世时，他将自己的图书馆和价值 1500 比索的个人财产遗赠给学校，作为创办高等学府的种子基金。去世前两天，他在道明会神父多明戈·德·尼瓦和贝尔纳多·德·圣卡塔利娜面前立下了遗嘱，两人是他遗嘱的执行人。1606 年 6 月，新塞哥维亚的主教迭戈·德·索里亚写信给西班牙国王菲利普三世，告知他创办大学计划。他还补充说，该学院应被授权颁发与西班牙阿维拉圣托马斯学院类似的学位。

1609 年，西班牙国王菲利普三世向马尼拉请求开办大学，两年后请求才到达马尼拉。大学成立于 1611 年 4 月 28 日。奠基书由巴尔塔萨·福特、贝尔纳多·纳瓦罗和弗朗西斯科·米纳约三世签署。贝尔纳多·德·圣卡塔利娜实现了贝纳维德斯的愿望，在马尼拉城墙环绕的王城区多米尼加教堂和修道院附近为大学获得了一栋建筑。当局以西班牙的萨拉曼卡大学等大学和西班牙美洲的墨西哥皇家教皇大学等大学为榜样，成为大学的典范。圣托马斯大学最初名为圣母玫瑰学院 ( Colegio de Nuestra Señora del Santísimo Rosario )，1619 年更名为圣托马斯学院，以纪念多明我会神学家圣托马斯·阿奎那。1645 年 11 月 20 日，教皇英诺森十世颁布了《In Supereminenti》教皇诏书，将圣托马斯学院升格为大学，并置于教皇管辖之下。

根据1733 年西班牙国王菲利普五世的敕令和 1734 年教皇克莱门特十二世的杜杜姆诏书，教会法学院( Facultad de Cánones ) 和民法学院( Facultad de Derecho ) 成立。

1865 年 5 月 20 日，西班牙女王伊莎贝拉二世颁布敕令，授权 UST 监督所有中学。作为当时唯一的高等教育机构，UST 充当了该国的教育部。五年后，海外殖民地部长Segismundo Moret颁布法令，将Real y Pontificia Universidad de Santo Tomas更名为Real y Pontificia Universidad de Filipinas。1871 年，菲律宾上级政府颁布法令，成立了医学和药学院 ( Facultad de Medicina y Farmacia )。UST 被允许授予医学学士学位。从 1877 年到 1901 年，共有 329 名学生获得了学士学位。何塞·黎刹于 1878 年至 1882 年在该大学学习医学，在那里他获得了同时学习医学预科课程和医学一年级的罕见特权。该大学在 1902 年新美国体系下开始授予医学博士学位。

该大学于 1908 年 1 月 13 日根据第 1459 号法案注册为非股份制、非营利性教育机构，法人名称为马尼拉圣托马斯天主教大学。随着学生人数的不断增加，道明会获得了位于马尼拉桑帕洛克苏卢坎山的一块 21.5 公顷的土地，并在此建造了新校区。1924 年，该校开始招收女性学生。所有课程和部门都迁至新校区，但医学和民法除外，这两个专业仍留在马尼拉王城区。

第二次世界大战期间，日本帝国军队将 UST 改建为敌国外国人的拘留营，其中大部分是居住在菲律宾的美国人。他们的秘密警察部门，即宪兵队，将原来的马尼拉城内校园变成了驻军和刑讯室，并于 1944 年将其烧毁。从 1942 年 1 月到 1945 年 2 月 11 日道格拉斯·麦克阿瑟将军解放该营的 37 个月期间，超过 3,700 名被拘留者被释放，其中 2,870 人是美国人，超过 600 人在拘留营中被杀害或因疾病或饥饿而死亡。

1785 年，西班牙国王查理三世授予圣托马斯大学“皇家”称号，以表彰该大学在保卫马尼拉抵抗英国军队时所表现出的忠诚。1974 年，当时的西班牙国王胡安卡洛斯一世访问了圣托马斯大学，并被授予名誉法学博士学位和皇家赞助人称号，这一传统可追溯到 1680 年，当时西班牙国王查理二世被任命为第一位赞助人。西班牙王后索菲亚曾于 1974 年与其丈夫一起访问圣托马斯大学，并于 2012 年再次访问圣托马斯大学。

1902 年，菲律宾科技大学被教皇利奥十三世签署的宗座宪章《马里·西尼科宣言》正式宣布为宗座大学。作为一所宗座大学，自 1970 年以来，教皇曾四次访问菲律宾科技大学，1970年教皇保罗六世、 1981 年和 1995 年教皇约翰·保罗二世以及2015 年教皇方济各都曾访问过该大学。在 2011 年建校四百周年之际，教皇本笃十六世派出特使并发表了视频致辞。1947 年，教皇庇护十二世授予该大学“菲律宾天主教大学”的校名。

UST的第一位菲律宾校长是Leonardo Legaspi，他于 1971 年至 1977 年在 UST 任职。1972年菲律宾实施戒严令时，他发布了部门命令中有关马科斯戒严的指导方针，并寻求教职员工的帮助，以维护政府实施的纪律。在戒严令期间，即使几家全国性报纸被关闭， Varsitarian仍继续运营。 UST 管理层告诫Varsitarian不要发表反政府情绪，但该刊物仍敦促学生反抗独裁统治。自戒严令宣布以来，文学与艺术学院的学生会成为该国第一个合法的学生政府。

圣托马斯大学被公认为菲律宾现存最古老的大学，但圣卡洛斯大学却对此提出异议。自成立以来，圣托马斯大学的学术生活只中断过两次：1898 年至 1899 年菲律宾反抗西班牙革命期间，以及 1942 年至 1945 年日本占领该国期间。2010 年 12 月 1 日，众议院通过了第 51 号决议“祝贺圣托马斯大学 2011 年成立四百周年的决议”，其中写道“该大学由米格尔·德·贝纳维德斯大主教于 1611 年 4 月 28 日创立”，并“拥有菲律宾和亚洲现存最古老的大学章程”。

2023-2024 年第二学期，该大学本科和研究生课程共招收 33,407 名学生，基础教育共招收 7,250 名学生。